Le secrétariat général est le bureau de swissuniversities; il assure les prestations centrales dans l’intérêt des hautes écoles ainsi que de la Confédération et des cantons universitaires. Le secrétariat général de swissuniversities soutient les chambres et les délégations de l’association dans leurs tâches de direction et assume plusieurs directions de programmes et de projets. Il exécute des mandats de la Confédération, de cantons universitaires ou de tiers qu’a acceptés swissuniversities.