Il Segretariato generale funge da centrale operativa di swissuniversities e svolge servizi centrali nell’interesse delle scuole universitarie, della Confederazione e dei Cantoni universitari. Il Segretariato generale di swissuniversities offre supporto alle Camere e alle Delegazioni di swissuniversities in materia di amministrazione e dirige diversi programmi e progetti. Dà esecuzione a mandati della Confederazione, dei Cantoni universitari o di terzi accettati da swissuniversities.