swissuniversities è costituita come associazione e ha i seguenti organi:

Assemblea Plenaria

Tutte le scuole universitarie membri sono rappresentate nell'Assemblea Plenaria. L'Assemblea Plenaria approva risoluzioni su questioni statutarie come le elezioni, il bilancio, i conti e le modifiche al regolamento organizzativo.

Comitato direttivo

Il Comitato direttivo è composto dal Presidente, dai presidenti delle tre Camere come Vicepresidenti ex officio e da un ulteriore membro di ogni Camera, che viene nominato dall'Assemblea Plenaria su proposta della Camera.  La segretaria generale partecipa alle riunioni con funzione consultiva. Il presidente dirige il comitato esecutivo e rappresenta swissuniversities a livello nazionale e internazionale.

Camere

All'interno della Conferenza delle Rettrici e dei Rettori c'è una camera delle scuole universitarie, delle scuole universitarie professionali e delle alte scuole pedagogiche. Le camere sono autocostituite e svolgono compiti specifici per il tipo di scuola universitaria. Possono istituire commissioni per compiti o argomenti e invitare le parti interessate a partecipare.

Delegazioni

Lo scopo delle delegazioni è lo sviluppo di posizioni strategiche e il coordinamento trasversale tra gli istituti di istruzione superiore e i tipi di istituti di istruzione superiore. Di regola, tutti i tipi di istituti di istruzione superiore sono rappresentati nelle delegazioni. Le delegazioni e i delegati sono nominati dal Consiglio di swissuniversities, che elegge anche i membri delle delegazioni e adotta un mandato.

Reti

Lo scopo delle reti è di informare e coordinare il personale che lavora nelle università nelle aree tematiche specifici. Le scuole universitarie determinano la propria rappresentanza nelle reti. Le reti sono istituite dalla direzione di swissuniversities, che elegge anche il presidente della rete e adotta un mandato.

Segretariato generale

Il segretariato generale gestisce gli affari degli organi di swissuniversities. Può assumere compiti a nome della Confederazione e dei cantoni universitari al servizio del panorama universitario svizzero e, come rappresentante degli interessi delle scuole universitarie svizzere, siede in commissioni e gruppi specializzati nazionali e internazionali.