swissuniversities ist als Verein konstituiert und verfügt über die folgenden Organe:

• Plenarversammlung In der Plenarversammlung sind alle Mitgliedhochschulen vertreten. Die Plenarversammlung fasst Beschlüsse zu statutarischen Geschäften wie Wahlen, Budget, Rechnung und Änderung des Organisationsreglements.
• Vorstand Der Vorstand der Konferenz der Rektorinnen und Rektoren setzt sich zusammen aus dem Präsidenten, den Vorsitzenden der drei Kammern als Vizepräsidenten ex officio und je einem weiteren Mitglied jeder Kammer, das auf Vorschlag der Kammer von der Plenarversammlung wird. Die Generalsekretärin nimmt mit beratender Stimme an den Sitzungen teil. Der Präsident leitet den Vorstand und vertritt swissuniversities auf nationaler und internationaler Ebene.

• Kammern: Innerhalb der Konferenz der Rektorinnen und Rektoren besteht je eine Kammer für die universitären Hochschulen, die Fachhochschulen und die Pädagogischen Hochschulen. Dabei konstituieren sich die Kammern selbst und erfüllen hochschultypenspezifische Aufgaben. Sie können aufgaben- oder themenbezogene Kommissionen einsetzen und betroffene Kreise zur Mitwirkung einladen.

• Delegationen und Delegierte Der Zweck von Delegationen und Delegierten ist die Entwicklung von strategischen Positionen und die typenübergreifende Koordination zwischen den Hochschulen und den Hochschultypen. In den Delegationen sind in der Regel alle Hochschultypen vertreten. Delegationen und Delegierte werden vom Vorstand von swissuniversities eingesetzt, der auch die Mitglieder der Delegationen wählt und ein Mandat verabschiedet.
• Netzwerke Der Zweck von Netzwerken ist die Information und Koordination der Mitarbeitenden, die an den Hochschulen in den entsprechenden Themengebieten tätig sind. Die Hochschulen bestimmen ihre Vertretung in den Netzwerken selber. Netzwerke werden vom Vorstand von swissuniversities eingesetzt, der auch den/die Vorsitzenden der Netzwerke wählt und ein Mandat verabschiedet.
• Generalsekretariat Das Generalsekretariat führt die Geschäfte der Gremien von swissuniversities. Es kann im Auftrag von Bund und Hochschulkantonen Aufgaben im Dienst der Schweizer Hochschullandschaft übernehmen und nimmt als Interessensvertreter der Schweizer Hochschulen Einsitz in nationalen und internationalen Gremien und Fachgruppen