In den Delegationen sind in der Regel alle Hochschultypen vertreten. Sie werden vom Vorstand der Konferenz der Rektorinnen und Rektoren mit einem Mandat eingesetzt und haben den Zweck, genauso wie die Delegierten, typenübergreifend zu koordinieren, strategische Positionen zu entwickeln und entsprechende Massnahmen in Themengebieten zu planen. Die Geschäftsführung übernimmt das Generalsekretariat von swissuniversities. Der Vorstand von swissuniversities hat im März 2015 die Delegationen eingesetzt und deren Mitglieder und Vorsitzende gewählt (Art. 16 Abs. 2 Bst. 2 OReg-RK).