Das Generalsekretariat dient als Geschäftsstelle von swissuniversities, und es gewährleistet zentrale Dienstleistungen im Interesse der Hochschulen sowie des Bundes und der Hochschulkantone. Das Generalsekretariat von swissuniversities unterstützt die Kammern und Delegationen von swissuniversities bei der Geschäftsführung und führt mehrere Programm- und Projektleitungen. Es führt Mandate des Bundes, von Hochschulkantonen oder von Dritten aus, welche swissuniversities angenommen hat.